肠道居住着一个人口稠密的生态系统，即肠道微生物区系，它是在出生时就建立起来的。然而，不同细菌在肠道微生物区系中的演替仍然相对未知。在这里，我们分析了471名瑞典儿童从出生到5岁的微生物区系，收集了4个月和12个月后，3岁和5岁的样本，以及他们出生时母亲的样本，使用16S rRNA基因图谱。我们还将它们的微生物区系与瑞典成年人口进行了比较。在建立过程中，各属遵循4种不同的定殖模式，其中甲烷短杆菌和千金藤科的定殖较晚，5年后未达到成虫水平。这些晚期殖民者与儿童和成人的阿尔法多样性增加有关。通过跟踪儿童年龄特定的社区类型，我们观察到儿童在肠道微生物区系的发展轨迹中具有个体动态。